Etendu de 2,58 km2, il culmine à 439m. Son principal cours d'eau est la rivière de l'Aire.

La commune de Perly-Certoux est située sur l'axe Genève-Saint-Julien, en frontière du territoire français. Elle est favorisée d'un accès privilégié par l'autoroute de contournement. Une zone de commerce et d'artisanat s'est développée, sur cet axe urbanisé, parallèlement à la zone d'habitation.
Mais la commune de Perly-Certoux participe aussi au paysage genevois des communes rurales et se situe, au nord-ouest, sur une importante pénétrante de verdure comprenant l'Aire, ses parties boisées et sa plaine agricole et maraîchère.
S'ils comprennent quelques exploitations agricoles ou viticoles, le village de Certoux et l'ancien village de Perly sont essentiellement résidentiels.

2822 habitants au 1er janvier 2009

Au niveau des contraintes légales, 83% du territoire est classé en zone agricole ; 14,5 % en zone de contruction (4B et 4B protégée) ; 1,1% ; en zone des bois et forêts ; 0,8 % en zone sportive ; 0, 2 % en zone de verdure.

Le plan directeur communal, adopté par le Conseil municipal en janvier 2000, décrit les options retenues par les Autorités en matière d'aménagement du territoire.